Empirisch (griech.: empeiría = Erfahrung) gewonnene Erkenntnisse gelten dann als wissenschaftlich verifiziert, wenn sie methodisch beobachtet und wiederholbar sind (Reliabilität). Wissenschaftlich ist es auch, die Methode und die Erkenntnisse kritisch zu hinterfragen (Validität) und zu aktualisieren. Theoretisch kann jeder die Ergebnisse reproduzieren (Objektivität), dafür ist es essentiell, die homöopathischen Arzneimittel nach homöopathischen Kriterien zu verschreiben.

Die Homöopathie genügt dieser Forderung vollkommen. Hahnemann war sogar einer der ersten Ärzte, die überhaupt die Forderung stellten, Arzneimittel nach „deutlich einzusehenden Gründen“ zu verordnen, wie er in seinem „Organon der Heilkunde“ schreibt. Er kritisierte die damalige dogmatische Schulmedizin, die sich zum Großteil noch an der Säftelehre Galens orientierte, und keine rationellen Gründe für ihre Verordnungen angeben konnte. Hahnemann erarbeitete das System der homöopathischen Arzneimittelprüfung, um das Wirkungsspektrum der Mittel kennen zu lernen.
Die Methode der Homöopathie, die Wirkung eines Arzneimittels zu erforschen, ist die Arzneimittelprüfung. Dabei wird gesunden Probanden (Prüfer) ein Mittel über einen längeren Zeitraum in immer der selben Potenz verabreicht. Diese Prüfer entwickeln Symptome, die notiert und vom Prüfungsleiter ausgewertet werden. Auch diese Prüfungen kann man im Stil einer Doppelblindstudie durchführen. Dabei wissen weder der Prüfungsleiter noch die Prüfer, welche Substanz sie einnehmen. Es werden keine Symptome bewertet, die für den Prüfer spezifisch sind. Die höchste und somit sicherste Wertung erhalten Symptome, die bei vielen Prüfern häufig auftreten. Das bestgeprüfte Mittel der Materia medica (Sammlung der Symptome homöopathischer Arzneimittel) ist Sulphur. Von diesem Mittel sind über 8.000 Symptome bekannt.

Um homöopathisch zu heilen, erstellt man das Symptomenbild des Patienten (d.h. die Summe aller Symptome) und bringt es mit einem Arzneimittelbild in Übereinstimmung. Man sucht also das Mittel, welches beim Prüfer die Symptome erzeugt hat, die der Patient nun äußert. Das ist mit der Aussage „Similia similibus currentur“ – Ähnliches wird durch Ähnliches geheilt – gemeint. Dieses Gesetz ist nach Hahnemann ein Naturgesetz.

Die Heilwirkung eines Mittels ist definitiv reproduzierbar. Natürlich muss das Arzneimittel nach homöopathischen Gesichtspunkten verordnet werden. Hier liegt bei den meisten Studien die Ungenauigkeit. Es wird häufig versucht, homöopathische Mittel nach schulmedizinischen Kriterien zu verordnen.

Beispiel: Es werden Patienten mit der schulmedizinischen Diagnose Tonsillitis (Mandelentzündung) ausgesucht. Es wird nun erwartet, dass ein bestimmtes homöopathisches Mittel alle Patienten mit dieser Diagnose heilen müsste, um die Wirksamkeit der Homöopathie zu beweisen.
Es gibt rund 80 häufig bei Tonsillitis verwendete homöopathische Mittel. Es kommen jedoch auch alle anderen Mittel der Materia medica in Frage, je nachdem, wie die bestimmte Mandelentzündung des Patienten geartet ist.
Dabei spielt nicht der Erreger, der vorgefunden wird, die entscheidende Rolle, sondern die Empfindungen des Patienten, die Begleitsymptome, der Gemütszustand usw..
Als Beispiel zwei verschiedene Erscheinungsformen:

Zunge, Hals und Mandeln sind hellrot, die Mandeln haben kleine weiße Flecken. Der Rachen glänzt wie glasiert, ist zusammengeschnürt, der Patient kann kein Wasser trinken. Das Schlucken ist schmerzhaft und dennoch besteht ein unwiderstehliches Verlangen danach. Die Pupillen sind geweitet, dem Patienten geht es schlechter bei Erschütterung, Lärm, Licht. Das Mittel für diesen Zustand ist Belladonna.
Die Zunge zeigt Zahnabdrücke, zittert beim Herausstrecken und ist feucht. Trotzdem hat der Patient großen Durst. Es zeigen sich dunkelrote Flecken auf den Mandeln, der Rachen schmerzt roh, wie verbrannt. Der Schmerz sticht beim Schlucken ins Ohr. Es besteht ebenfalls das Verlangen trotzt Schmerzen zu schlucken. Der Atem stinkt extrem, ebenso der reichliche Schweiß, es besteht starker Speichelfluss und ein metallischer Geschmack im Mund. Schlimmer ist es nachts, beim Liegen auf der rechten Seite und bei Erhitzung. Das Mittel ist Mercurius solubilis.

Es ist offensichtlich, wie verschieden der einzelne Patient eine Mandelentzündung erlebt. Es kann also nicht ein Mittel für diese Diagnose geben, das auf alle Patienten passt.
Vielmehr ist es so, dass ein Mittel auf einen Patienten passt. Hat nun z.B. der Patient aus dem ersten Beispiel begleitend Fieber, wird Belladonna auch dieses heilen, weil es auf den Gesamtzustand passt, in dem der Patient

geweitete Pupillen hat, benommen ist oder alle Sinne geschärft sind;
zugleich eine Verschlimmerung durch Lärm, Licht, Erschütterung, Berührung, Luftzug anzutreffen ist;
weiterhin eiskalte Extremitäten und ein heißer Kopf zu finden sind;
Schwellungen und Entzündungen sind hellrot und heiß, die Beschwerden treten plötzlich auf.

Wann immer man einen Patienten mit diesen Symptomen trifft, wird Belladonna Erfolg haben.

Um die Wirksamkeit der Homöopathie zu beweisen, muss sie nach homöopathischen Kriterien angewandt werden, nur dann ist die Beweisführung valide. Würde man dabei schulmedizinische Kriterien anwenden, verlässt man den Gegenstand seines Forschungsinteresses: Es wird nicht die Wirksamkeit der Homöopathie untersucht, sondern, ob Homöopathie auf die gleiche Weise funktioniert wie die Schulmedizin. Das Forschungsergebnis kann unter solch einem Messirrtum nur auf eine Falsifikation hinauslaufen. In methodisch exakt durchgeführten Untersuchungen wird die Wirksamkeit der Homöopathie dagegen durch Heilungen bestätigt, die nach klassisch homöopathischen Gesichtspunkten erfolgen.

Ein seriöser, methodisch korrekt arbeitender Wissenschaftler muss bei der Gewinnung neuer Forschungsergebnisse ältere Forschungsergebnisse, die mit den neuen Erkenntnissen nicht mehr konform gehen, falsifizieren und Studien (auch seine eigenen) überprüfen, neu aufbereiten oder gar streichen. Schon Hahnemann hinterfragte seine Erkenntnisse, er veröffentlichte insgesamt sechs Ausgaben des „Organon der Heilkunst“, in dem er das Prinzip und die Anwendung der Homöopathie beschreibt. Mit jeder Neuauflage fanden sich Modifizierungen, zum Teil ersetzte er Vorschriften durch aktuellere.
Ebenso haben seine Nachfolger ihr Wissen niedergeschrieben und Hahnemanns Erfahrungen bestätigt oder ihnen widersprochen. Deshalb gibt es verschiedene Schulen der klassischen Homöopathie z.B. nach Kent, Bönninghausen oder Vithoulkas. In der Praxis verschmelzen diese jedoch wieder teilweise, weil es bei verschiedenen Patienten angebracht sein kann, unterschiedliche Schwerpunkte zu setzen.

Die Homöopathie ist mitnichten auf dem Stand von 1850 stehen geblieben. Das Ähnlichkeitsgesetz gilt immer noch, es ist und bleibt das Hauptgesetz der Homöopathie. Wollte man hier kritisieren, dass die Homöopathie deswegen veraltet ist, könnte man ebenso gut die Physik beschuldigen, das Gesetz der Schwerkraft nicht zu modernisieren. Die Arzneimittelbilder werden jedoch aktualisiert, verfeinert, ergänzt, den heutigen Bedürfnissen angepasst. Es spielen sehr viele psychologische Aspekte eine Rolle und neue Lebensbedingungen werden berücksichtigt.

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